Intussen was Jannus op 1 september 1898 getrouwd met Elizabeth Wierda. Samen kregen ze drie kinderen, 2 zoons en 1 dochter.
Deze succesrijke, gedeeltelijk militaire maar vooral organisatorische loopbaan, bleef niet onopgemerkt. Toen in het kabinet Ruijs de Beerenbrouck de minister van Oorlog, W.F. Pop, in 1921 aftrad kwam de portefeuille van Oorlog beschikbaar. Deze werd aan Van Dijk als antirevolutionair aangeboden en door hem aanvaard, terwijl hij bovendien als minister ad interim voor Marine optrad. In het tweede kabinet Ruijs de Beerenbrouck van 1922 tot 1925 zou Van Dijk minister van Oorlog blijven. Als bewindsman met deze taken trad Van Dijk naar voren als een goede debater, die kennis van zaken bezat en erin slaagde van zich af te spreken. Tijdens zijn ministerschap kwam de belangrijke dienstplichtwet van 1922 tot stand. Door deze wet werd het vredes-leger uitsluitend een opleidingsinstituut en ontstond een nieuw mobilisatiesysteem, waarbij de z.g. organisatie in de vredestijd vooral diende tot een voor-bereiding en training van een tamelijk beperkte groep opgeroepenen die met vorige en volgende lichtingen bij mobilisatie op oorlogssterkte kon worden gebracht.
Na dit ministerschap bleef Van Dijk in de politiek: hij werd lid van de Tweede Kamer voor de antirevolutionaire fractie, waarin hij als expert voor defensie optrad. Bovendien behartigde hij voor zijn partij onder meer ook de problematiek rond de ontwikkeling van het omroepbestel. Van Dijk bleef lid van de Tweede Kamer tot 24 juni 1937, toen hij werd benoemd tot minister van Defensie in het vierde kabinet Colijn. Deze post bekleedde hij vervolgens ook in het slechts enkele weken durende vijfde kabinet Colijn (1939). Gedurende deze bewindsperiode werd door Van Dijks voorstel de dienstplichtwet van 1922 gewijzigd, wat een verlenging van de duur van de eerste oefening en een vergroting van het jaarlijkse contingent inhield. Zowel tijdens zijn Kamerlid-maatschap als in zijn tweede ministerschap was Van Dijk een doortastend en consequente voorstander van herbewapening en versterking van de Nederlandse defensie. Hij beschouwde de landsverdediging als een heilige plicht, die van Godswege was opgelegd. Door de gewijzigde omstandigheden groeide na verloop van tijd de sympathie voor Van Dijks benadering, maar toch stuitte hij toch herhaaldelijk op de wens bij vele, ook regeringsgezinde, partijen al te hoog geachte kosten laag te houden. Aan hem was het in ieder geval niet of nauwelijks te wijten dat Nederland de Tweede Wereldoorlog inging met een nog in vele opzichten ouderwets gebleven en onvoldoende uitgeruste defensie. Afgezien van deze parlementaire en ministeriële activiteiten was Van Dijk bovendien maatschappelijk werkzaam. Zo was hij actief in het christelijk nationaal onderwijs en de christelijke psychiatrische zorg, de Nationale Christen Officieren Vereeniging, de Nederlandsche Militaire Bond, de Koninklijke Nederlandse Vereniging “Ons Leger”, en de Dr. Kuyperstichting. Bovendien was hij in de periode 1929-1949 lid van het college van directeuren van de Vrije Universiteit. Op 20 oktober 1938 verleende de Vrije Universiteit hem het eredoctoraat, o.a. wegens zijn verdiensten als militair jurist.