Op 13 oktober 1892 werd hij benoemd tot tweede luitenant en geplaatst bij het 1e Regiment Infanterie. Hij volgde col-leges in de rechts- en staatswetenschappen aan de universiteit te Leiden van 1897 tot 1898. Deze opleiding vergemakkelijkte een docentschap in militair recht aan de Koninklijke Militaire Academie te Breda. Hier doceerde hij van 1898 tot in 1908. In 1904 publiceerde hij het “Wetboek van militair strafrecht en Wet op de krijgstucht” (Zwolle, 1904), waarvan in 1952 de vierde druk verscheen.

In 1908 werd hij benoemd tot onderdirecteur van de Topografische Inrichting te Delft. Bij Koninklijk Besluit van 26 maart 1913, no. 44 kreeg Jannus van Dijk in de rang van kapitein eervol ontslag uit de militaire dienst en werd hij directeur van de Topografische Inrichting, een functie hij tot in 1921 bekleedde.

Onder zijn directeurschap werd het z.g. stelsel van de ‘bewoonde oorden’ ontworpen ten behoeve van de 10-jaarlijkse volkstelling in 1920. Door deze nieuwe methode kon men ook van de nieuwe bebouwing in de afzonderlijke gemeenten een gedifferentieerder beeld verkrijgen dan anders mogelijk zou zijn geweest. De wijze van telling die voordien gehanteerd werd, leverde slechts bruikbare gegevens op over de gemeente in haar geheel, maar liet geen differentiatie toe.

In 1904 publiceerde Jannes van Dijk het “Wetboek van militair strafrecht en Wet op de krijgstucht” (Zwolle, 1904), waarvan in 1952 de vierde druk verscheen.

Intussen was Jannus op 1 september 1898 getrouwd met Elizabeth Wierda. Samen kregen ze drie kinderen, 2 zoons en 1 dochter.

Deze succesrijke, gedeeltelijk militaire maar vooral organisatorische loopbaan, bleef niet onopgemerkt. Toen in het kabinet Ruijs de Beerenbrouck de minister van Oorlog, W.F. Pop, in 1921 aftrad kwam de portefeuille van Oorlog beschikbaar. Deze werd aan Van Dijk als antirevolutionair aangeboden en door hem aanvaard, terwijl hij bovendien als minister ad interim voor Marine optrad. In het tweede kabinet Ruijs de Beerenbrouck van 1922 tot 1925 zou Van Dijk minister van Oorlog blijven. Als bewindsman met deze taken trad Van Dijk naar voren als een goede debater, die kennis van zaken bezat en erin slaagde van zich af te spreken. Tijdens zijn ministerschap kwam de belangrijke dienstplichtwet van 1922 tot stand. Door deze wet werd het vredes-leger uitsluitend een opleidingsinstituut en ontstond een nieuw mobilisatiesysteem, waarbij de z.g. organisatie in de vredestijd vooral diende tot een voor-bereiding en training van een tamelijk beperkte groep opgeroepenen die met vorige en volgende lichtingen bij mobilisatie op oorlogssterkte kon worden gebracht.

Na dit ministerschap bleef Van Dijk in de politiek: hij werd lid van de Tweede Kamer voor de antirevolutionaire fractie, waarin hij als expert voor defensie optrad. Bovendien behartigde hij voor zijn partij onder meer ook de problematiek rond de ontwikkeling van het omroepbestel. Van Dijk bleef lid van de Tweede Kamer tot 24 juni 1937, toen hij werd benoemd tot minister van Defensie in het vierde kabinet Colijn. Deze post bekleedde hij vervolgens ook in het slechts enkele weken durende vijfde kabinet Colijn (1939). Gedurende deze bewindsperiode werd door Van Dijks voorstel de dienstplichtwet van 1922 gewijzigd, wat een verlenging van de duur van de eerste oefening en een vergroting van het jaarlijkse contingent inhield. Zowel tijdens zijn Kamerlid-maatschap als in zijn tweede ministerschap was Van Dijk een doortastend en consequente voorstander van herbewapening en versterking van de Nederlandse defensie. Hij beschouwde de landsverdediging als een heilige plicht, die van Godswege was opgelegd. Door de gewijzigde omstandigheden groeide na verloop van tijd de sympathie voor Van Dijks benadering, maar toch stuitte hij toch herhaaldelijk op de wens bij vele, ook regeringsgezinde, partijen al te hoog geachte kosten laag te houden. Aan hem was het in ieder geval niet of nauwelijks te wijten dat Nederland de Tweede Wereldoorlog inging met een nog in vele opzichten ouderwets gebleven en onvoldoende uitgeruste defensie. Afgezien van deze parlementaire en ministeriële activiteiten was Van Dijk bovendien maatschappelijk werkzaam. Zo was hij actief in het christelijk nationaal onderwijs en de christelijke psychiatrische zorg, de Nationale Christen Officieren Vereeniging, de Nederlandsche Militaire Bond, de Koninklijke Nederlandse Vereniging “Ons Leger”, en de Dr. Kuyperstichting. Bovendien was hij in de periode 1929-1949 lid van het college van directeuren van de Vrije Universiteit. Op 20 oktober 1938 verleende de Vrije Universiteit hem het eredoctoraat, o.a. wegens zijn verdiensten als militair jurist.

Na de capitulatie van mei 1940 bleef Van Dijk actief. Hij was afgevaardigde van de Gereformeerde Kerken in het Interkerkelijk Overleg en maakte, toen Colijn als vertegenwoordiger van de antirevolutionaire stroming door verbanning was uitgevallen, deel uit van het Politiek Convent en het Nationaal Comité. Ook was hij lid van de Raad van commissarissen van De Standaard, in welke hoedanigheid hij te maken kreeg met steeds sterker wordende Duitse druk, waaraan dit dagblad volgens veel mensen te veel toegaf.

Op 1 april 1943 werd hij door de Sicherheitspolizei gearresteerd en gevangen gezet in het ‘Oranjehotel’ te Scheveningen, van waaruit hij werd overgebracht naar het gijzelaarskamp Haaren en vervolgens naar het concentratie kamp Dachau, waar hij in ‘Ehrenhaft’ verbleef. Tijdens zijn gevangenschap maakte Van Dijk, die aan diabetes leed, diepe indruk op zijn lotgenoten. Binnen de kring van zijn medegevangenen bekleedde hij een leidende rol en hij was veel van zijn medegevangenen tot grote steun. In april 1945 brachten de Duitsers hem en een aantal andere lotgenoten over naar Niederdorf in Zuid-Tirol, waar hij door Italiaanse partizanen werd bevrijd. Daarna had hij in Nederland nog een lange oude dag.

Van Dijk was een hardwerkend en consciëntieus mens, hij was streng voor zichzelf, rechtlijnig, maar toch ook een gevoelsmens met fijnzinnige humor. Onder invloed van zijn gevangenschap in de oorlogstijd nam hij later ten aan-zien van personen en zaken een mildere houding aan dan vóór oorlog en bezetting het geval was geweest.

Zijn humor en vaardigheden komen goed tot recht in het geestig beschreven hoofdstuk “Jurrit”, wat Cissy van Marxveldt over hem schreef in haar boek “Mensen uit een klein dorp”.